このサイトの解析の進め方、検証、訂正の方針
このサイトの公開データ解析について、範囲、出典、再現性、検証、限界、訂正の方法と、誤りの連絡先を説明する。
このサイトの記事、ツール、用語集は、熊倉大騎の個人の技術メモです。このページでは、それが何であるか、どう作り、どう確かめているか、誤りをどう連絡できるかを示します。
範囲
- 公開情報とシミュレーションだけ。 どの解析も、公表された論文とその補足資料、公開された規制文書、公開データセット、またはシミュレーションを使います。公開されていない患者個人のデータは使いません。
- 臨床や規制の助言ではない。 曝露の比較、モデルのパラメータの推定、公開データが何を支えられるかの検討を行います。特定の患者や製品に、用量や治療を勧めるものではありません。ツールも、数値を示す場所にその旨を書いています。
- 査読を受けていない。 記事は個人のメモです。査読を受けた成果はPublicationに載せています。ワーキングペーパーの区分の記事には、査読を受けていないと表示します。
- 個人の見解。 メモは、いかなる組織も代表しません。
解析の進め方
- 問いを先に置く。 各解析は、方法の前にQOI（問い）とCOU（使いみち）を書きます。主張を、データが支える範囲にとどめるためです。
- 出典を引用し、点検する。 論文はDOIで引用します。出典に不一致（たとえば表の値と脚注の値が違う）があれば、記事で報告し、両方の版を試します。
- コードと入力を共有する。 計算の核がある記事には、配布資料（解析計画、コード、入力の表、結果）を付け、数値を再現できるようにします。乱数のseedは固定し、再実行のコマンドを示します。
- 結果を独立に確かめる。 通常、計算の核を別の実装や別の言語で計算し直し、公表値と比べます。一致の大きさは記事に書きます。公表値と一致することは、モデルを正しく作り直せたことを示すだけで、別の集団でのモデルの妥当性は示しません（公表された母集団PKモデルの再実装を参照）。
- 限界を書く。 各記事は、判断できること・できないことを分け、区間や感度解析があれば示し、探索的な所見には探索的と明記します。
例：極端な体重での抗PD-1抗体の固定用量、公表されたmosunetuzumabモデルの再実装、既存薬の用量比較の借用。
翻訳
記事は日本語と英語で読めます。元の言語は明記し、翻訳は、数値、図、結論を原文と照合してから公開します。
更新と訂正
- 各記事にバージョン番号を表示します。最終更新日は、ページの構造化データ（
dateModified）とサイトマップにあります。 - 数値、結論、出典に影響する変更は、バージョンと更新日を上げます。誤字の修正では上げません。
- 誤りを見つけた場合は、サイトのリポジトリのGitHub Issuesに、記事名と該当の記述を添えて連絡してください。変更の履歴はすべて、そのリポジトリで公開されています。
引用
各記事の末尾に、著者、年、題名、URLを示す「引用」の行があります。記事のページには、ZoteroやMendeleyなどの文献管理ソフトが読める引用のメタデータも入れています。