モデルが勝てないときに追加する観測
摂動予測とVirtual Cellの最新研究を読み、情報の不足、モデルの未活用、評価の低感度を切り分ける。観測時点と信号の希釈の数式例から、次に測るものを考える。
Daiki Kumakura
I am a mathematical biologist and a bioinformatics researcher in the pharmaceutical industry. I received my Ph.D. in Life Science from Hokkaido University in March 2025.
I study biological dynamics using mathematical models and data analysis, with an interest in pharmacometrics and systems biology.
Recent writing
Boltz-2に100件の実験結果を足すと、候補選択はどう変わるか
8標的の公開予測値を再集計し、少数の活性ラベルを使うBoltz-2の調整を候補選択の観点から検討する。次の100件で拾う活性化合物、追加の再採点費用、類似度検索と未知骨格の回収を比較する。
予測精度は機序理解をどこまで支持するか
予測と機序推論を分けて評価する。最新のVirtual Cell研究と規制文書を読み、合成データの計算例で、データに当てはまるパラメータが問いによって違う答えを出すことを示す。