ソフトウェア

RLR_transform

R · 研究コード

組成時系列データの変換と、CCM（収束的交差写像）による動的相互作用の推定を検討するRスクリプト。シミュレーションと図の作成コードを収録。

スクリプトとして公開。Rパッケージ形式ではありません。

Python · 試作版

ゲノム配列からマーカー遺伝子を探索・抽出し、アラインメント、連結配列の作成、系統樹推定までをつなぐPythonのCLI。

READMEで試作版と明記。導入手順はリポジトリを参照してください。

Docker / Shell · チュートリアル（日本語）

Dockerを使ったショットガンメタゲノム解析の教材。品質管理や機能プロファイリングの手順とShellスクリプトを収録。

手順の更新が必要な箇所があります。現環境での一連の動作は未検証です。

Docker · 解析環境

既存のバイオインフォマティクスツールをコンテナで利用するためのDockerfile集。ゲノム解析やメタゲノム解析などの環境定義を収録。

各ツール本体ではなく、実行環境の定義を公開しています。