Disentangling the growth curve of microbial culture
Daiki Kumakura, Ryo Yamaguchi, Akane Hara, Shinji Nakaoka
原文・書誌情報熊倉 大騎
博士（生命科学）。専門は数理生物学。2025年4月から、製薬企業でバイオインフォマティクス研究者として勤務しています。
これまで、微生物の増殖、抗菌薬への応答と耐性、微生物叢の変化を数理モデルとデータ解析から研究してきました。製薬分野では、特にpharmacometricsと接点を持つ研究を専門の軸としています。
主な論文
A prototype coupled modeling approach for predicting harmful algal blooms: A case study in Chile
Ishara Uhanie Perera, So Fujiyoshi, Daiki Kumakura, Carolina Medel, Kyoko Yarimizu, Osvaldo Artal, Pablo Reche, Oscar Espinoza-González, Leonardo Guzman, Felipe Tucca, Alexander Jaramillo-Torres, Jacquelinne J. Acuña, Milko A. Jorquera, Shinji Nakaoka, Satoshi Nagai, Fumito Maruyama
原文・書誌情報ソフトウェア
RLR_transform
組成時系列データの変換と、CCM（収束的交差写像）による動的相互作用の推定を検討するRスクリプト。シミュレーションと図の作成コードを収録。
CRiSM
ゲノム配列からマーカー遺伝子を探索・抽出し、アラインメント、連結配列の作成、系統樹推定までをつなぐPythonのCLI。