Daiki Kumakura

© 2022 Daiki Kumakura.
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Peer reviewed papers

2020

  • [1] Tanaka M, Kumakura D , Mino S, Doi H, Ogura Y, Hayashi T, et al. Genomic characterization of closely related species in the Rumoiensis clade infers ecogenomic signatures to non-marine environments. Environ Microbiol. 2020 Aug;22(8):3205–17.

2021

  • [2] Kumakura D , Nakaoka S. Exploring Similarity Between Embedding Dimension of Time-Series Data and Flows of an Ecological Population Model. In: Methods of Mathematical Oncology. 2021. Springer Singapore, 69–80.

2022

  • [3] Komatsu Y, Kumakura D , Seto N, Izumi H, Takeda Y, Ohnishi Y, et al. Dynamic Associations of Milk Components With the Infant Gut Microbiome and Fecal Metabolites in a Mother–Infant Model by Microbiome, NMR Metabolomic, and Time-Series Clustering Analyses. Frontiers in Nutrition. 2022;8: 1192.

  • [4] Suzuki K, Abe MS, Kumakura D, Nakaoka S, Fujiwara F, Miyamoto H, Nakaguma T, Okada M, Sakurai K, Shimizu S, Iwata H, Masuya H, Nihei N, Ichihashi Y. 2022. Chemical-Mediated Microbial Interactions Can Reduce the Effectiveness of Time-Series-Based Inference of Ecological Interaction Networks. International journal of environmental research and public health 19:1228.

Conference, Symposium & Seminar

2020

  • [[1] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. Verification of inference of causality method using relative abundance in the Lotka-Volterra equation. 日本数理生物学会. September 2020 (oral, japanese)

  • [2] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 時系列因果探索手法によるベクトル場の再現. 応用数学合同研究集会. December 2020 (oral, japanese)

2021

  • [3] 中岡慎治, 熊倉大騎. 土壌微生物生態系の群集機能解析とデザインを目指した数理科学的手法の活用. 土壌微生物×物質循環ワークショップ. January 2021 (invited, oral, japanese)

  • [4] 熊倉大騎. 埋め込み次元の最適性によるマクロレベルでの生態系現象の予測と利用可能性. 土壌微生物×物質循環ワークショップ. January 2021 (poster, japanese)

  • [5] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. CCMを用いた因果推定手法の組成データ適用性. 日本生態学会第68回岡山大会. March 2021 (oral, japanese)

  • [6] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 環境の好適化を考慮した微生物増殖動態解析と検証. 第15回細菌学若手コロッセウム. August 2021 (oral, japanese)

  • [7] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 環境の好適化を考慮した微生物増殖動態解析と検証. 第15回細菌学若手コロッセウム. August 2021 (poster, japanese)

  • [8] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 環境の好適化を考慮した微生物増殖動態解析と検証. 日本数理生物学会. September 2021 (oral, japanese)

  • [9] 熊倉大騎, 砂川純也, 白又拓也, 中岡慎治, 鎌倉昌樹. セイヨウミツバチのMulti-omics解析による疾病探索. 日本微生物生態学会第34回大会. November 2021 (poster, japanese)

  • [10] 砂川純也, 熊倉大騎, 白又拓也, 中岡慎治, 鎌倉昌樹. Virome解析を用いたウイルス普遍性の探索. 日本微生物生態学会第34回大会. November 2021 (poster, japanese)

  • [11] 熊倉大騎. 時系列因果推定手法による微生物ダークマター探索. ネットワーク科学研究会2021. December 2021 (invited, oral, japanese)

  • [12] 熊倉大騎. 亜集団性を考慮した細菌の増殖動態. 第1回 生命科学における数理解析探究ワークショップ. December 2021 (oral, japanese)

2022

  • [13] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 環境の好適化を考慮した微生物の増殖動態. 日本生態学会第69回福岡大会. March 2022 (oral, japanese)

  • [14] 熊倉大騎, 山口諒, 原朱音, 中岡慎治. 分業性を考慮した微生物増殖性の理論解析. 第95回日本細菌学会総会. March 2022 (invited, oral, japanese)

  • [15] Daiki Kumakura. The relationship between host and virus in the natural environments. EVE seminar, Japan. April 2022 (oral, english)

  • [16] Daiki Kumakura. Diversity of Asgardarchaota and Theoretical verification of endosymbiotic theory. iTHEMS biology seminar, Japan. April 2022 (oral, english)

  • [17] 松本卓也, 早川卓志, 上野将敬, 北山遼, 熊倉大騎, 寺森祐紀, 中岡至, 根知嶋勇人, 長谷川拓海, 皆川香桜里, 横山拓真. 地獄谷温泉におけるニホンザルの行動および微生物との関わり. 2022年度ニホンザル研究セミナー. July 2022 (poster, japanese)

Review articles and books

2020

  • [1] 中岡慎治, 熊倉大騎. 腸内環境を保全するうえでの数理科学の役割. 実験医学. 2020 Nov;38(18):3078-84.
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