Peer reviewed papers

2020

• [1] Tanaka M, Kumakura D, Mino S, Doi H, Ogura Y, Hayashi T, et al. Genomic characterization of closely related species in the Rumoiensis clade infers ecogenomic signatures to non-marine environments. Environ Microbiol. 2020 Aug;22(8):3205–17.

2021

• [2] Kumakura D, Nakaoka S. Exploring Similarity Between Embedding Dimension of Time-Series Data and Flows of an Ecological Population Model. In: Methods of Mathematical Oncology. 2021. Springer Singapore, 69–80.

2022

• [3] Komatsu Y, Kumakura D, Seto N, Izumi H, Takeda Y, Ohnishi Y, et al. Dynamic Associations of Milk Components With the Infant Gut Microbiome and Fecal Metabolites in a Mother–Infant Model by Microbiome, NMR Metabolomic, and Time-Series Clustering Analyses. Frontiers in Nutrition. 2022;8: 1192.
• [4] Suzuki K, Abe MS, Kumakura D, Nakaoka S, Fujiwara F, Miyamoto H, Nakaguma T, Okada M, Sakurai K, Shimizu S, Iwata H, Masuya H, Nihei N, Ichihashi Y. 2022. Chemical-Mediated Microbial Interactions Can Reduce the Effectiveness of Time-Series-Based Inference of Ecological Interaction Networks. International journal of environmental research and public health 19:1228.

2023

• [5] Kumakura D., Yamaguchi, R., Hara, A., and Nakaoka, S. (2023) Disentangling the growth curve of microbial culture. J Theor Biol 111597.

2025

• [6] Perera, I. U., Fujiyoshi, S., Kumakura, D., Medel, C., Yarimizu, K., Espinoza-González, O., Guzmán, L., Nakaoka, S., Tucca, F., Jaramillo-Torres, A., Tohsato, Y., Acuña, J. J., Jorquera, M. A., Lee, H., & Maruyama, F. (2025). Causal interactions among phytoplankton and Pseudo-nitzschia species revealed by empirical dynamic modelling. Marine Pollution Bulletin, 211(117432), 117432.

Conference, Symposium & Seminar

2020

• [1] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. Verification of inference of causality method using relative abundance in the Lotka-Volterra equation. 日本数理生物学会. September 2020 (Oral, Japanese)
• [2] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 時系列因果探索手法によるベクトル場の再現. 応用数学合同研究集会. December 2020 (Oral, Japanese)

2021

• [3] 中岡慎治, 熊倉大騎. 土壌微生物生態系の群集機能解析とデザインを目指した数理科学的手法の活用. 土壌微生物×物質循環ワークショップ. January 2021 (Invited, Oral, Japanese)
• [4] 熊倉大騎. 埋め込み次元の最適性によるマクロレベルでの生態系現象の予測と利用可能性. 土壌微生物×物質循環ワークショップ. January 2021 (Poster, Japanese)
• [5] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. CCMを用いた因果推定手法の組成データ適用性. 日本生態学会第68回岡山大会. March 2021 (Oral, Japanese)
• [6] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 環境の好適化を考慮した微生物増殖動態解析と検証. 第15回細菌学若手コロッセウム. August 2021 (Oral, Japanese)
• [7] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 環境の好適化を考慮した微生物増殖動態解析と検証. 第15回細菌学若手コロッセウム. August 2021 (Poster, Japanese)
• [8] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 環境の好適化を考慮した微生物増殖動態解析と検証. 日本数理生物学会. September 2021 (Oral, Japanese)
• [9] 熊倉大騎, 砂川純也, 白又拓也, 中岡慎治, 鎌倉昌樹. セイヨウミツバチのMulti-omics解析による疾病探索. 日本微生物生態学会第34回大会. November 2021 (Poster, Japanese)
• [10] 砂川純也, 熊倉大騎, 白又拓也, 中岡慎治, 鎌倉昌樹. Virome解析を用いたウイルス普遍性の探索. 日本微生物生態学会第34回大会. November 2021 (Poster, Japanese)
• [11] 熊倉大騎. 時系列因果推定手法による微生物ダークマター探索. ネットワーク科学研究会2021. December 2021 (Invited, Oral, Japanese)
• [12] 熊倉大騎. 亜集団性を考慮した細菌の増殖動態. 第１回　生命科学における数理解析探究ワークショップ. December 2021 (Oral, Japanese)

2022

• [13] 熊倉大騎, 山口諒, 中岡慎治. 環境の好適化を考慮した微生物の増殖動態. 日本生態学会第69回福岡大会. March 2022 (Oral, Japanese)
• [14] 熊倉大騎, 山口諒, 原朱音, 中岡慎治. 分業性を考慮した微生物増殖性の理論解析. 第95回日本細菌学会総会. March 2022 (Invited, Oral, Japanese)
• [15] Daiki Kumakura. The relationship between host and virus in the natural environments. EVE seminar, Japan. April 2022 (Oral, English)
• [16] Daiki Kumakura. Diversity of Asgardarchaota and Theoretical verification of endosymbiotic theory. iTHEMS biology seminar, Japan. April 2022 (Oral, English)
• [17] 松本卓也, 早川卓志, 上野将敬, 北山遼, 熊倉大騎, 寺森祐紀, 中岡至, 根知嶋勇人, 長谷川拓海, 皆川香桜里, 横山拓真. 地獄谷温泉におけるニホンザルの行動および微生物との関わり. 2022年度ニホンザル研究セミナー. July 2022 (Poster, Japanese)
• [18] 熊倉大騎. プラスミド保有菌の絶滅条件の理論解析. 第16回細菌学若手コロッセウム. August 2022 (Oral, Japanese)
• [19] 熊倉大騎. プラスミド保有菌の絶滅条件の理論解析. 第16回細菌学若手コロッセウム. August 2022 (Poster, Japanese)
• [20] 熊倉大騎, 中岡慎治. 制限基質に依存した微生物の共培養系の理論解析. 日本数理生物学会. September 2022 (Oral, Japanese)
• [21] 小島響子, 高橋明子, 小野英理, 熊倉大騎. 「もっと伝わる申請書の図って、どう作ったらいいの？」. 日本数理生物学会. September 2022 (Panelist, Seminar, Japanese)
• [22] Daiki Kumakura, Tetsuya J Kobayashi. Hessian Geometric Structure of Equilibrium and Nonequilibrium Chemical Reaction Newtworks. iTHEMS biology seminar, Japan. September 2022 (Organizer, Oral, English)
• [23] 熊倉大騎, 北山遼, 寺森祐紀, 早川卓志, 松本卓也. ニホンザルの入浴がもたらす地獄谷温泉微生物叢の多様性. 日本微生物生態学会第35回大会 October 2022 (Poster, Japanese)
• [24] 寺森祐紀, 熊倉大騎, 北山遼, 早川卓志, 松本卓也. 長野県地獄谷温泉における複数源泉間での微生物叢の不均一性の調査. 日本微生物生態学会第35回大会 October 2022 (Poster, Japanese)
• [25] Ishara Uhanie Perera, So Fujiyoshi, Daiki Kumakura, Shinji Nakaoka, Fumito Maruyama. An approach to forecast harmful algal blooms in Chile using emprical dynamic modeling. JSME2022, Japan. October 2022 (Oral, English)
• [26] 熊倉大騎, 富永賢人, 森本大地, 我妻竜太. 皆で作る環境ウイルス学の新たな展望. 日本微生物生態学会第35回大会 October 2022 (Workshop, Japanese)

2023

• [27] Daiki Kumakura. Basic of microbial ecology and applicability of your life and research. iTHEMS biology seminar, Japan. January 2023 (Organizer, Oral, English)
• [28] 熊倉大騎. ニホンザルの入浴がもたらす地獄谷温泉微生物叢の多様性. 2022年度 地獄谷研究会議, Japan. March 2023 (Oral, Japanese)
• [29] 熊倉大騎. 地獄谷温泉中の微生物叢と運び手としてのサルの行動. 動物行動学ジョイントセミナー, Japan. March 2023 (Oral, Japanese)
• [30] 熊倉大騎. 抗生物質添加下でのプラスミドの定着条件の理論解析. 第96回日本細菌学会総会, Japan. March 2023 (Invited, Oral, Japanese)
• [31] Daiki Kumakura, Ryo Yamaguchi. Deciphering speciation processes: a mathematical modeling approach to biodiversity patterns. iTHEMS biology seminar. June 2023 (Organizer, Oral, English)
• [32] Daiki Kumakura. Quantitative analysis of antibiotic bactericidal effect and susceptibility. The 8th CIJK International Conference on Mathematical and Theoretical Biology. Korea. June 2023 (Symposium, Oral, English)
• [33] 熊倉大騎. 病原微生物にあなたが罹ったときに最適な治療を提案します. 第50回 原生生物・寄生虫・進化セミナー(PPE seminar). July 2023 (Invited, Oral, Japanese)
• [34] 熊倉大騎, 森田慶一, 西山尚来, 熊田隆一. 第3回数理生物学夏の学校. August 2023 (Workshop, Japanese)
• [35] 熊倉大騎, 森田慶一. 若手で語ろう！数理生物学2023. JSMB 2023, Japan. September 2023 (Workshop, Japanese)
• [36] 熊倉大騎. 抗菌薬投与下での薬剤耐性プラスミドの獲得条件. 第4回医学と数理研究会, Japan. September 2023 (Poster, Japanese)
• [37] Daiki Kumakura, Yoshitomo Kikuchi. How is host-symbiont specificity determined? ---Host’s partner-choice mechanisms and symbiont’s motility. iTHEMS biology seminar, Japan. October 2023 (Organizer, Oral, English)
• [38] 清水端良平, 熊倉大騎, 中岡慎治. 教師あり機械学習による細菌性膣症のクラス分類と微生物バイオマーカー探索. 第3回腸内デザイン学会. November 2023 (Oral, Japanese)
• [39] 熊倉大騎. 温泉微生物生態系の共存システムと侵入条件の数理×実験の融合. 日本微生物生態学会第36回大会. November 2023 (Workshop, Oral, Japanese)
• [40] Daiki Kumakura, Takara Nishiyama. Application of mathematical models to the COVID-19 cohort study. iTHEMS biology seminar, Japan. December 2023 (Organizer, Oral, English)

2024

• [41] 熊倉大騎. 細菌感染症にファージ療法を適用のための数理基盤構築. 第1回ちょうわか研究交流セミナー, Japan. March 2024 (Oral, Japanese)
• [42] 熊倉大騎. 抗菌薬投与下におけるプラスミド定着性の理論解析. JSMB研究会, Japan. March 2024 (Oral, Japanese)
• [43] 熊倉大騎. 細菌性膣症の超早期診断のためのバイオマーカー細菌の探索. マイクロバイオーム数理研究会, Japan. March 2024 (Oral, Japanese)
• [44] 北山遼, 熊倉大騎. 温泉に入る／入らないサルの糞のショットガンメタゲノム解析の進捗について. 2023年度 地獄谷研究会議, Japan. March 2024 (Oral, Japanese)
• [45] Daiki Kumakura, Haruka Kitayama. A socio-ecological and genomic approach to mixed-species formation of African forest guenons. iTHEMS biology seminar, Japan. April 2024 (Organizer, Oral, English)
• [46] Daiki Kumakura, Shohei Kojima. Finding and understanding disease-causing genetic mutations. iTHEMS biology seminar, Japan. June 2024 (Organizer, Oral, English)
• [47] Daiki Kumakura. Theoretical analysis of extinction conditions of drug-resistant plasmids under repeated administration. iTHEMS NOW & NEXT 2024, Japan. July 2024 (Poster, English)
• [48] 熊倉大騎. 微生物学のDryはバイオインフォマティクスと数理生物学である. 総研大セミナー, Japan. August 2024 (Invited, Oral, Japanese)
• [49] 熊倉大騎, 森田慶一, 西山尚来, 吉村雷輝, 明石涼, 中野来喜, 南駿, 一色竜一郎. 第4回理論生物学夏の学校. September 2024 (Workshop, Japanese)
• [50] 熊倉大騎, 明石涼, 西山尚来. 博士、どうする？GOする！~先輩の経験談を聞いてみよう~. JSMB 2024, Japan. September 2024 (Symposium, Japanese)
• [51] 清水端良平, 熊倉大騎, 中岡慎治. エネルギー地形解析を用いた細菌性膣症の進行パターン解析. JSBM 2024, Japan. September 2024 (Oral, Japanese)
• [52] 熊倉大騎. 細菌性膣症の発症プロセスと発症条件の理解と考察. 第5回医学と数理研究会, Japan. September 2024 (Poster, Japanese)
• [53] 熊倉大騎, Fawcett Jeffrery, 矢﨑裕規. 地理的隔離と環境条件がもたらす長野県地獄谷温泉微生物マットの組成変化の調査. 日本微生物生態学会第37回大会. October 2024 (Poster, Japanese)
• [54] Daiki Kumakura, Sayaki Suzuki. Theoretical analysis of High-dose/Refuge strategy for durability of pest control. iTHEMS biology seminar, Japan. November 2024 (Organizer, Oral, English)
• [55] 熊倉大騎, 清水端良平, 中岡慎治. 擬似時間と状態遷移を用いた細菌性膣症発症プロセスの解明. 第47回分子生物学会. November 2024 (Poster, Japanese)

General article and book, interview

2020

• [1] 中岡慎治, 熊倉大騎. 腸内環境を保全するうえでの数理科学の役割. 実験医学. 2020 Nov;38(18):3078-84 (Book, Japanese)

2023

• [2] 熊倉大騎. 注目の研究を解説！「掃除する細菌を数学で解き明かす」. 北海道大学大学院生命科学院. December 2023 (URL) (Interview, Japanese)

2024

• [3] 永井智哉, 金子委利子, 熊倉大騎, 入谷亮介ら. 学習資料「一家に1枚」世界とつながる"数理". 文部科学省 & 理化学研究所iTHEMSら. March 2024 (URL) (Poster, Japanese)
• [4] 永井 智哉, 初田 哲男, 松浦 俊司, 入谷 亮介, 辻 直美, 熊倉 大騎. 「科学技術週間」記念講演会. 自由民主党本部. April 2024 (URL) (Oral, Japanese)
• [5] 永井 智哉, 篠崎 菜穂子, 熊倉 大騎. 理研DAY：研究者と話そう！「一家に１枚 “数理”」で知ろう！〜世界とつながる“数理”〜. 理化学研究所. April 2024 (Oral, Japanese)
• [6] 熊倉大騎. スクールストライク！～超北大生～, IMAREAL. AIR-G' FM北海道. 13th September 2024 (Live radio, Japanese)
• [7] 永井智哉, 島田卓也, 篠崎菜穂子, 熊倉大騎ら. 「数理をつかおう」ワークショップ. 理化学研究所【和光地区】 一般公開 2024. October 2024 (Workshop, Japanese)
• [8] 永井智哉, 島田卓也, 篠崎菜穂子, 熊倉大騎ら. 「数理をつかおう」ワークショップ. 理化学研究所【神戸地区】 一般公開 2024. November 2024 (Workshop, Japanese)
• [9] 熊倉大騎. おもしろ北大ラボ！. 北大大学院教育改革推進室. November 2024 (X, YouTube, Podcast, Japanese)

Award

2023

• [1] 熊倉大騎. 第52回赤い糸会（2023年度第1回） 最優秀賞. September 2023 (Oral, Japanese)