記事（日本語） | Daiki Kumakurahttps://daikikumakura.github.io/feed-ja.xml2026-10-28T18:00:00+09:00Daiki Kumakurahttps://daikikumakura.github.io/PRISMのEC50をそのまま次の実験濃度に使ってよいかhttps://daikikumakura.github.io/writing/prism-potency-reliability.html2026-10-28T18:00:00+09:002026-10-28T18:00:00+09:00PRISMの公式実測データから3薬・6細胞株の濃度反応を再解析。点推定、profile、技術的redoを照合し、遷移付近への追測と独立再実験が必要な曲線を分ける。ゲムシタビンの点滴時間を変える：血中AUCと細胞内曝露は同じ判断につながるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/gemcitabine-infusion.html2026-10-28T13:00:00+09:002026-10-28T13:00:00+09:00同量の点滴を公開PopPKモデルの固定効果で比較し、血漿ピーク、PBMC内dFdCTP、形成CLの仮定、観測後の尾部を点検する。臨床的な点滴条件の推奨や腫瘍内曝露の予測は行わない。AlphaProtein Novoで実験に回す酵素候補をどう絞るかhttps://daikikumakura.github.io/writing/alphaprotein-novo.html2026-10-28T09:00:00+09:002026-10-28T09:00:00+09:00反応機構を設計入力にするAlphaProtein Novoを読み解く。構造指標と活性の違い、複数配列による足場評価、ヒット率の分母を整理し、公開された件数から参考区間を再計算する。腫瘍の合計が減っても増える病変はある。公開CTデータを調べるhttps://daikikumakura.github.io/writing/organ-lesion-response.html2026-10-27T18:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00公開CTデータの276患者・2,425病変で、患者内の病変変化と集約の限界を調べた。合計体積の減少と一部病変の増加が併存する頻度、除外条件と臓器差の不確実性を示す。薬剤別の因果薬効は評価しない。測定していない薬の細胞応答をAIはどう予測するのかhttps://daikikumakura.github.io/writing/map-unprofiled-drugs.html2026-10-27T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00MAPの未測定薬剤予測を、残した知識と未知にした情報から読む。公開された16薬剤の評価値を再集計し、平均相関の改善、候補ごとのばらつき、知識学習の段階差と次の検証条件を整理する。観測されない媒介変数はネットワークから消えてくれないhttps://daikikumakura.github.io/writing/hidden-mediator-networks.html2026-10-26T18:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00観測データから推定したネットワークのエッジと、実際の分子の作用を区別する。媒介変数を消去した数理と合成データの計算例で、当てはまっても媒介物のパラメータが決まらないことを示し、微生物の化学媒介相互作用、single-cellの遺伝子調節ネットワーク、創薬の機序評価へつなげる。TROP2 ADCの曝露を比較する前に：同じ薬のAUCが変わった理由を読むhttps://daikikumakura.github.io/writing/trop2-payload-exposure.html2026-10-26T13:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00SGとDato-DXdの一次PK・E–R資料を監査。2026年のSGの派生濃度定義とモデル変更を踏まえ、曝露を借りる前に測定量・時間窓・転帰を照合する。共通payload目標や効力順位は支持できない。カピバセルチブの週間投与量を保って休薬の配置を変えるhttps://daikikumakura.github.io/writing/capivasertib-rest-schedule.html2026-10-26T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00週間投与量を揃えて休薬配置を比較する。週間AUC・ピーク・最低濃度と、基準濃度によって順位が変わる低濃度時間を計算。PKの差から休薬中の回復や臨床的な優劣までは決まらない。レポトレクチニブの増量時点を変えると何が変わるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/repotrectinib-escalation.html2026-10-25T18:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00レポトレクチニブの公開PopPK式と推定済みパラメータから、7・14・21日導入の曝露を比較する。累積曝露と後半トラフ、食事条件、イベント相対時間の違いを調べ、採血期間と解釈の限界を整理する。Boltz-2に100件の実験結果を足すと候補選択はどう変わるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/boltz2-assay-finetuning.html2026-10-25T13:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:008標的の公開予測値を再集計し、少数の活性ラベルを使うBoltz-2の調整を候補選択の観点から検討する。次の100件で拾う活性化合物、追加の再採点費用、類似度検索と未知骨格の回収を比較する。モデルが勝てないときに追加する観測https://daikikumakura.github.io/writing/model-data-information.html2026-10-25T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00摂動予測とVirtual Cellの研究を読み、情報の不足、モデルの未活用、評価の低感度を切り分ける。観測時点と信号の希釈の数式例から、同じ適合度でも予測の安定性が異なる理由を考える。予測精度は機序理解をどこまで支持するかhttps://daikikumakura.github.io/writing/prediction-vs-mechanism.html2026-10-24T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00予測と機序推論を分けて評価する。最新のVirtual Cell研究と規制文書を読み、合成データの計算例で、データに当てはまるパラメータが問いによって違う答えを出すことを示す。早期PSAの低下と再上昇を分ければ予測は良くなるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/psa-early-observation-ja.html2026-10-23T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00公開PSA400人で低下・再上昇の階層モデルを直近値予測と比較し、早期予測誤差、再上昇速度の同定、治療継続者への選択を分けて検討する。B7-H3 ADCの用量比較を追加する情報価値はどれだけあるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/b7h3-adc-dose-information-ja.html2026-10-22T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00IDeate-Lung01の公開用量群を用い、奏効・害の効用仮定と結合転帰・追跡条件が追加比較のEVSIへ与える影響を計算する。治療期間を短くした便益と害は一つの数値にできるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/treatment-duration-benefit-risk-ja.html2026-10-21T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00SCOT公開結果の有効性と神経毒性を、分母・区間・欠測を分けて再構築し、個人の便益・害を集約値から推定する限界を検討する。極端な体重でも抗PD-1抗体の固定用量は曝露を保てるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/fixed-vs-weight-dosing.html2026-10-20T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00公表PopPKモデルと一般成人の体重分布で、pembrolizumab・nivolumabの固定用量と体重換算を比べた。固定用量は重い側で、体重換算は軽い側の初回投与でトラフが試験の範囲を下回りやすい。曝露の比較であり、用量は推奨しない。RAS阻害薬の分割投与は標的阻害の維持をどれだけ変えるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/ras-inhibitor-target-coverage-ja.html2026-10-19T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00マウス血液・腫瘍・DUSP6モデルの再構築と、仮想集団でのQD・BID比較を分け、標的turnover、曝露変動、投与負担の影響を検討する。治療中の免疫RNA変化は奏効の情報を加えるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/on-treatment-immune-change-ja.html2026-10-18T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00公開された治療前後RNAの43組を確認し、固定した免疫指標の変化と、記録された最良奏効への条件付き追加情報を検討した。新薬の用量選択に既存薬の用量比較をどこまで借りてよいかhttps://daikikumakura.github.io/writing/borrowing-prior-dose-selection.html2026-10-17T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00公開された既存薬の用量比較を仮想新薬の事前分布に借用し、期待後悔と正選択率を比較した。本解析の効用と悪化許容幅では主条件で重み0.5まで、全感度条件で0.25が許容された。一般的な借用規則ではない。腫瘍縮小の群間差は脱落の仮定でどれだけ変わるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/tumor-dropout-sensitivity-ja.html2026-10-16T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00公開大腸がん試験の腫瘍計測を用い、混合効果モデル、死亡とのjoint model、delta調整で縮小と群間差の仮定依存を検討する。公開データで考えるT-cell engagerの投与設計と限界https://daikikumakura.github.io/writing/tcell-engager-decision-framework-ja.html2026-10-15T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00タルラタマブのPK・有効性モデルの再構築、CRSのBayes感度解析、仮想的な測定価値と採血設計を分けて検討する。用量比較試験は用量選択をどこまで支持するか：sotorasib 960 mgと240 mgの群別データからhttps://daikikumakura.github.io/writing/sotorasib-dose-comparison.html2026-10-14T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00無作為化用量比較の公開群別データから、便益と害の重みを変えたときの判定領域を示す。重症毒性の差は頑健だが、奏効率とOSの差は不確かで、結論は害の定義に依存する。臨床用量の推奨は行わない。免疫RNAスコアは別の尿路上皮がん集団でも奏効予測を改善するかhttps://daikikumakura.github.io/writing/immune-outcome-validation-ja.html2026-10-13T09:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00公開尿路上皮がん集団のTeff・間質スコアを固定して外部検証し、識別性能、校正、欠測と移植可能性の限界を調べた。標的タンパク質分解薬の投与間隔は最大分解率だけで決められるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/er-protac-pkpd.html2026-10-12T09:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00ER-PROTACの公開データを点検し、作用部位曝露と標的回復の仮定が投与頻度・PD指標の比較をどう変えるかを最小モデルで調べる。実薬へのfitと臨床用量提案は行わない。Virtual Cellは何を当てたのか。標的遺伝子と評価指標を点検するhttps://daikikumakura.github.io/writing/virtual-cell-target-evaluation.html2026-10-11T09:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00標的遺伝子の直接効果と摂動応答の予測を分け、最新研究と合成例からVirtual Cellの評価指標を点検する。Nimotuzumabの実測PKによる曝露比較とモデルの複雑さhttps://daikikumakura.github.io/writing/nimotuzumab-poppk.html2026-10-10T09:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00個人別PKから3つのPopPK構造を推定し、内部検証・収束・投与条件の曝露差からモデル採用の限界を検討する。腫瘍動態モデルは一点の早期変化より予測に役立つかhttps://daikikumakura.github.io/writing/tumor-kinetics-landmark-ja.html2026-10-09T09:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00公開大腸がんデータで一点変化と混合効果モデルを比較した。生存の識別能、次の腫瘍計測、計測密度と較正から、動態モデルの追加価値を検証する。タルラタマブの公開PKデータによる投与間隔変更の評価https://daikikumakura.github.io/writing/tarlatamab-summary-pk.html2026-10-08T09:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00公開PK集約値から2コンパートメントモデルを推定し、識別性と不確実性を踏まえてQ2W・Q3W・Q4Wの曝露を比較する。AI創薬のボトルネックはどこにあるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/ai-drug-discovery-bottlenecks.html2026-10-07T09:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00AI創薬の実験接続、公開業績、臨床移行を点検し、実験量と開発判断に使える証拠を区別する。平均曝露だけでタルラタマブの投与間隔を決められるかhttps://daikikumakura.github.io/writing/tcell-engager-regimen-design.html2026-10-05T09:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00公開PopPKの個体間変動シミュレーション、有効性の曝露反応、時期別CRS、維持曝露を分けて検討する。平均曝露を合わせてもピークとトラフは保存されないことと、公開情報による判断の限界を示す。個人のPK情報はワルファリンのPCA予測を改善するかhttps://daikikumakura.github.io/writing/warfarin-pkpd-ja.html2026-10-04T00:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00公開ワルファリンPK/PCAデータを再解析し、吸収ラグとHill係数、未使用被験者での予測、仮想反復投与を比較した。追加PK情報がPD予測を改善しない条件と、最適化警告による限界を示す。早期の腫瘍計測はその後の生存予測を改善するかhttps://daikikumakura.github.io/writing/tumor-dynamics-survival-ja.html2026-10-04T00:00:00+09:002026-10-27T00:00:00+09:00公開大腸がんデータの患者を分離したランドマーク解析。早期腫瘍変化の追加情報を、識別能、較正、打切り、不確実性、利用可能な情報の時点から評価する。モスネツズマブの公開PopPKモデルを再実装する：段階的増量の曝露比較とRO–CRS外挿の限界https://daikikumakura.github.io/writing/mosunetuzumab-public-pk.html2026-10-02T00:00:00+09:002026-10-28T00:00:00+09:00公開論文と補足資料からmosunetuzumabのPKを再計算。仮想患者2,000例のpaired解析で投与量・間隔の影響を調べ、CD20占有率とCRSに翻訳できる範囲を検討する。図表・Pythonコード・CSV付き。